财政科技资金投入在支持公共科技活动、引导企业等社会投入方面发挥着重要作用。而钱花的是否有效率，是每个纳税人关心的问题。据统计，全国财政科技支出从2006年的1688.5亿元提高到2012年的约5600.1亿元，年均增长22.73%，7年累计2.42万亿元，占同期全国财政支出的4.37%。财政部部长楼继伟日前受国务院委托向全国人大常委会做关于国家财政科技资金分配与使用情况的报告。他指出财政科技资金管理使用除了自身存在的问题外，在体制机制等方面也存在深层次问题。一是科技宏观管理缺乏有效的统筹协调。二是政府与市场的关系没有完全理顺。三是科研项目管理亟须改进。四是科技评价导向不尽合理。五是创新政策体系不够完善。不久前科技部部长万钢公开用了“愤怒”“痛心”“错愕”三个词来表达对当前科研经费管理使用中违纪违法问题的感受。如何对财政科技资金管理体制改革？有关专家表示，首先要从改革管理体制入手，改变九龙治水的格局。目前中央各部门中具有科技管理职能、涉及财政科技经费使用和管理的有几十家。其次是各个涉及到科研经费拨款的部委自身的改革。例如科技部正在着力建设的科研信息部署机构，课题立项的内容、结题内容都会公开发布在官方网站上，公示给同行业以及利益攸关的企业。财政部将来会实施的运用“公务卡”等手段，加强对科技经费使用的过程监管；强化科研项目承担单位财务管理，建立内部成本费用核算机制；建立健全科研项目及经费管理使用的信用记录和评级机制，建立黑名单制度等等。不久前，安邦（ANBOUND）在每日经济简报中已经指出，中国的科研系统正在失去中央的信任，在经历人大的质询和斯诺登事件的冲击后，科技管理体制已经到了不得不改的时刻。