台湾反对服贸协议的风波持续蔓延，自上月开始，《自由经济示范区特别条例》也被反服贸派当作了第二个“黑箱服贸”猛烈攻击。17日下午，马英九主持国民党中山会报时，对两岸协议监督条例草案、两岸服贸协议可能无法在临时会期中提出处理感到遗憾，但仍对自由经济示范区特别条例草案抱以期望，希望尽快通过审查让自经区的政策及早落实，减少台湾经济迈向自由化的障碍。台湾发展委员会主任委员管中闵曾解释，自经区与货贸、服贸有极大差异；自经区是面对国际，目标也是国际，而非仅是两岸。像示范产业中的“智慧物流”，已有新加坡与日本企业来询问；“金融服务”有英国、新加坡等业者感兴趣。另欧洲商会也对“教育创新”兴致勃勃，想引进欧洲好的学校协助台湾培育人才。而目前反对自经区的论点，部分仍停留在该条例未修改前的旧内容，与事实不符。然而民进党等反对派首先要求“行政院”撤回自由经济示范区特别条例草案，重新再提案，国民党团表示这只会徒然多花半年时间，旷日废时，没有任何实际意义。他们认为民进党应清楚表明究竟是同意或反对自经区，一再拖延只会白白拖累台湾经济自由化的关键契机，造成台湾经济遍体鳞伤、全体受害的最坏结果。目前看来，马英九已经几乎放弃在服贸协议上争取“立法院”通过的期望，这对马英九政府和中国大陆都十分不利。民进党乐见国民党在服贸问题上遭遇失败，如果在自经区的问题上再施加压力，将会动摇国民党在经济政绩方面的根基，令国民党在下届大选时居于下风。