上海自贸区作为新时期中国深化对外开放的试验田，被各方寄予了厚望。在海关监管上，上海自贸区据传将试验“境内关外”的政策，实现“一线逐步彻底放开、二线高效关注、区内货物自由流动”的要求。上海国际航运研究中心的一份报告指出，根据“一线放开、二线管住”的程度不同，有广义的自由贸易区模式以及综合性自由港城模式两种方案。在广义模式下，“一线放开”需通过制定自由贸易区专项法律法规，赋予自由贸易区“准境外港”的法律地位。除法律规定的例外情况，境外货物可自由进出自由贸易区，免征关税、进口环节税等常规税种，不实行进出口配额、许可证管理。“二线管住”则必须施以更为严格的监管力度。例如，采用围网进行物理分隔；对入驻企业实行经营资质、经营范围、年审制度等一系列严格的企业审核管理制度；对货物进出特殊区域实行严格的记录管理，对不同的货物性质和类别，划分不同的监管力度等级；对外汇实行严格的审查、记录和管理制度；对出入自由贸易区的人员，采用特殊通行证管理制度等。“区内自由”一是生产自由与流通自由，区内可配合国际中转、国际配送、国际转口等业务对货物进行多种形式的储存、展览、组装、制造和加工，货物在区内可自由流动和买卖，免征增值税、消费税等；二是金融自由，区内无外汇管制，可实现自由汇兑；三是企业投资自由，入区企业经审核合格者，无资本金、来源地、股权比例等差别性政策待遇等。而在综合模式下，与前述模式的主要区别在于“区内自由”部分。一是消费自由，自由港城内可以建立商业性生活消费设施和开展商业零售等业务，业务收入免征增值税、消费税等；二是自由港城内可供特殊人员居住，如船员等，并且区域内生活供应品免税。为此，需要根据出入自由港城的人员类别，采取特殊通行证和特殊居住证的分类管理制度，以及对在港城内购买物品带出港城，要按照自用合理数量原则，实行严格的审查，超过规定金额或数量要依法纳税。报告指出，第一种方案侧重实现“物”的自由的开放，符合当前中国海关特殊监管区域有所突破的迫切需要。而方案二由于涉及到海关特殊监管区与城市的融合衔接问题，依据现有国情，在短期内较难实现。